通行费发票抵扣就包括了道路通行费，桥、闸通行费两种。道路通行费是指纳税人按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。其发票的左上角标志有“通行费”的字样，并且在税率栏那里也有显示适用税率或征收率，那么在使用此发票抵扣时，就需要在增值税发票综合服务平台勾选抵扣确认，即可在收费时抵扣相应的进项税额。

桥、闸通行费是指纳税人支付的桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额计算可抵扣的进项税额。这种通行费发票是不需要向道路通行费那样到综合服务平台勾选确认的，直接根据票面的计算抵扣税额，其计算方式为桥、闸通行费可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%。

通行费的电子发票具有两种其中有一种是可以抵扣的，凡是在发票的左上角标志“通行费”字样，并且在税率栏那里也有显示适用税率或征收率的通行费发票就可以抵扣，纳税人在拿到这种开头抵扣的通行费电子发票时，根据发票上注明的抵扣税额抵扣就可以了。还有一种通行费发票是不征税发票，即在左上角标志没有“通行费”的字样，并且税率栏次显示“不征税”的通行费电子发票。